重庆医药行业协会成立于2002年12月。现有会员单位150家。主管单位重庆市食品药品监督管理局，社团登记管理机关重庆市民政局。下设办公室（政府事务部）、专家委员会、统计信息部、杂志编辑部、财务室。
重庆医药行业协会从成立的第一天起就在自己的旗帜上书写着“服务”两个大字，始终坚持以服务为宗旨，服务企业、服务政府、服务社会、服务大众，为促进行业健康快速发展，保证群众用药安全做了大量有效的工作。在政府有关部门的指导和会员企业的支持下，经过多年的探索发展，逐步打造了政策建言、统计信息、研讨论坛、行业培训、业务咨询、行业自律、会展交流等核心业务，先后两次被评为“先进社会团体”，受到企业与政府的好评。重庆市吴刚副市长曾对重庆医药行业协会的工作做出批示：“重庆医药行业协会是市政府相关部门的得力助手和有力补充，其工作积极有效，效果及其良好。市药监局，市卫生局，市药交所药充分依托行业协会不可替代的作用。”重庆医药行业协会在西部地区和全国有一定影响力，是中国医药企业管理协会、中国化学制药工业协会、中国非处方药物协会的副会长（现为资深副会长）单位，中国医药商业协会理事单位，中国西部医药行业协会联盟主席单位。于全国各省市医药行业协会和众多大型医药企业（集团）建立了广泛有好的联系。重庆医药行业协会不但为本地医药企业服务，而且热忱欢迎国内外医药企业来渝投资和经商，并提供全程周到服务。
目前，重庆医药行业协会正在根据我国政治经济发展的新常态，进一步改革与规范运作模式，加强自身建设，提升服务水平，建设品牌协会，努力把重庆医药行业协会打造成发挥参谋助手的作用，承接政府职能转移；维护企业权益，实现行业自律；引领产业健康发展，保证人民用药安全的公共服务平台。恳请政府有关部门继续支持和发挥重庆医药行业的作用，希望全市医药企业特别是会员单位积极参与协会的改革，共同把重庆医药行业协会建成企业之家、服务之港。